Gunnlaugur er fæddur árið 1966 í Reykjavík. Hann lauk stúdentsprófi frá Menntaskólann í Hamrahlíð 1985 og embættispróf við Læknadeild Háskóla Íslands 1991. Hann hlaut almennt lækningarleyfi árið 1992 og starfaði sem aðstoðarlæknir á ýmsum deildum Landakots og Borgarspítalans næstu ár. Hann stundaði sérnám í heimilislækningum í Noregi á árunum 1995 til 1999. Hann fékk í ársbyrjun 1999 sérfræðileyfi í heimilislækningum. Hann starfaði svo við Heilbrigðisstofnun Suðurnesja í tæp þrjú ár þar til að hann hóf störf við Heilsugæsluna í Árbæ í ársbyrjun 2003.